Eu dou muito valor às aplicações web, pois independem de plataforma e podem ser acessadas de qualquer lugar, mas sei que os recursos são restritos. O problema maior é a abrangência e supercialidade de recursos principalmente gráficos que aplicações disponíveis em PHP (ou qualquer uma outra linguaegm web) possuem, pois detêm o conceito do trabalho em grupo, contendo fórum, wiki, gerenciamento de arquivos e envio de tickets para execução das tarefas, enquanto as aplicações desktops tem mais o foco da gestão e acompanhamento.
Em PHP destaco o PHProjekt e o dotProject que são muito bons e possuem recursos similares citados acima: são groupwares.
Já para desktop, destaco estas 2 ferramentas desenvolvidas em Java, que são multiplataformas:
XMind - Projeto similar ao FreeMind, também feito em Java, mas na minha concepção muito mais organizado e amigável. Ele permite escolher o tipo de exibição do diagrama, enquenato o FreeMind apenas trabalha com o de idéias livres. Com o XMind você consegue montar uma EAP, organizar um brainstorming, espinha de peixe, por exemplo, entre outros.
OpenProj - Também feito em Java, mas muito parecido com o MS Project. É como um pedacinho do software da Microsoft, mas tem tudo que se precisa para gerenciar um projeto: recursos, custos, prazo, gera relatórios, gráficos e uma coisa que o Project não faz: EAP. É leve, fácil e lembra muito, mas muito mesmo o MS Project. Muito melhor que o GanttProject que não tinha nada além de atividades e o gráfico de Gantt.
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